1 材料与方法
11 实验菌株 肠炎沙门菌、阿柏丁沙门菌,鸡雏沙门菌,德尔比沙门菌、鼠伤寒沙菌,福氏志贺2a,福氏志贺2b,宋氏志贺菌,枸缘酸杆菌,变形杆菌,河弧菌,金黄色葡萄球菌,枯草芽孢杆菌(四川省疾病预防控制中心);产毒素大肠埃希菌C83921,产毒素大肠埃希菌C83902(中国兽医药品监察所);侵袭性大肠埃希菌(中国生物制品研究所)。
12 试剂 染料、缓冲溶液、TaqDNA聚合酶、dNTPs、核酸染料(GV)、琼脂糖、Marker等(北京塞百盛基因技术公司)。
13 主要设备 PCR基因扩增仪、台式高速离心机、紫外可见凝胶成像系统、核酸分析仪、微量加样枪(德国Eppendorf公司);电泳槽、DYY-2稳压稳流电泳仪(北京市六一仪器厂)。
14 方法
141 引物设计 沙门菌组氨酸转运操纵子基因片段具有沙门菌属特异性〔2-4〕,根据Genebank V01373提供的基因序列设计引物,即引物1:5′-ACT GGC GTT ATC CCT TTC TCT GGT G-3′;引物2:5′-ATG TTG TCC TGC CCC TGG TAA GAG A-3′由于ipaH基因存在于所有志贺菌属和侵袭性大肠埃希菌(EIEC)的质粒和染色体上〔5〕,根据Genebank M32063提供的序列设计志贺菌和EIEC引物,引物序列为:引物1:5′- TGT ATC ACA GAT ATG GCA TGC -3′;引物2:5′- TCC GGA GAT TGT TCC ATG TG -3′。选择不耐热肠毒素(LT)的编码基因保守区〔6〕,根据Genebank S60731提供的序列设计一对引物为:引物1:5′-GCG TTA CTA TCC TCT CTA TGT G-3′引物2:5′-AGT TTT CCA TAC TGA TTG CCG C-3′。
142 DNA模板的提取 采用热裂解法,取细菌培养液10ml,置于Eppendorf管中,8000r/min,灭菌蒸馏水洗涤2次,最后用1ml蒸馏水悬浮,隔水煮沸10min,8000r/min,离心10min,取上清,即为DNA模板溶液。
143 多重PCR扩增条件的优化 通过多次试验先确定了变化较小的因素buffer,dNTP,再对影响较大的因素如MgCl2浓度、引物浓度、Taq酶用量、模板浓度,在1个范围内做正交实验,再进行局部微调,最后调整退火温度和循环数参数等。取PCR产物5μl及DNA Marker参照物在含有(GV)的1%琼脂糖凝胶中电泳,电压75V,电泳40min后在紫外灯下观察结果。
144 多重PCR体系的特异性、灵敏度、样品检测 (1)特异性检测:9株标准目的菌株和7株非目的菌
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